第3次伊藤博文内閣は、軍備の拡張を図るために地租の増徴を行なおうとした。しかし、これに自由党と進歩党が猛反対し、両党は合同して憲政党を樹立する。これにより伊藤博文内閣は退陣を余儀なくされ、日本初めての政党内閣である大隈重信内閣（第一次内閣で、隈板内閣とも言われた）が成立する。しかし、憲政党内部で対立が起こって、この政党内閣はわずか4ヶ月で退陣する。その後、憲政党（旧自由党）の支持を得て成立した第2次山縣有朋内閣によって、地租増徴案は成立して軍備拡張が行なわれると同時に、政党の影響力を抑えるために治安警察法や軍部大臣現役武官制などが公布された。
伊藤博文は、政党の必要性を悟り、自ら憲政党の旧自由党勢力と自派の官僚を結合し、1900年立憲政友会を組織し、初代総裁に就任する。伊藤が政党の党首となることに嫌悪感を抱く山縣は、明治天皇を動かし伊藤を枢密院議長にすることで政友会総裁を辞任することに成功する。政友会は西園寺公望を2代総裁に選出し、西園寺と山縣閥の陸軍大将桂太郎が交互に政権を担当する（情意投合）、「桂園時代」が展開する。これは、いわば、薩長藩閥と政友会の大連立に相当すると見なされる。
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大正時代においては、大正政変における桂太郎内閣の退陣における背景には、政党の影響力が大きかったことが挙げられる。そして大正7年（1918年）、原敬によって本格的な政党内閣が組閣された。その後も高橋是清内閣、加藤高明政党内閣が成立する。この加藤内閣のとき、男子普通選挙制が成立すると共に、治安維持法が成立した。
昭和時代においては、若槻禮次郎内閣、田中義一内閣、濱口雄幸内閣などにおいて、それぞれ立憲民政党、立憲政友会、立憲民政党を支持母体とした政党内閣が成立する。若槻・濱口内閣などは協調外交などを推進して戦争の道を進もうとする日本を何とか食い止めようとしたが、経済政策の失敗や軍備縮小などにおいて軍部や国民の支持を得られず、最後は両内閣とも辞職に追い込まれた。田中内閣は昭和恐慌などの経済政策において成功を収めたが、中国外交で強硬外交を推進して戦争の道を歩むようになる。しかしこの田中内閣も陸軍の暴走を抑えることができず、最後は張作霖爆殺事件において陸軍の処罰を行なわなかったために昭和天皇の信任を失って、辞職に追い込まれた。
ある種二大政党制が成立していたとも言える時代ではあったが、しかし、昭和7年（1932年）5月15日犬養毅首相が暗殺され（5・15事件）、戦前の政党内閣は終焉を告げたのである。犬養が暗殺されたのは、日本が孤立することを恐れて満州国の成立を承認しようとしなかったため、それに不満を持った軍部によって暗殺されたのである。そして、この事件や血盟団事件などによってテロにおびえた政治家は、以後は斎藤実などの軍人内閣によって組閣が行なわれるようになった。
その後も立憲政友会、立憲民政党からは共に入閣する者はいたがその政治力は相対的に低下していく。その一方で、両党内部にも軍部に呼応する動きが発生（政友会における中島知久平や民政党における永井柳太郎の動き）、紆余曲折を経て昭和15年（1940年）、大政翼賛会に合流することになる。一般的にはこの時代の議会は軍部や政府に従うだけの機関であったと解されているが、実際には旧政党の幹部をはじめとする多くの議員が積極的に政府・軍部が結びついて政党に替わって組織された翼賛議員同盟や翼賛政治会、大日本政治会の支配権を掌握していくことで政治的利益に与っていた。こうした動きに抵抗したのが昭和17年（1942年）に行われた翼賛選挙における「非推薦候補」であった。敗戦後、旧大日本政治会所属者を中心として当時の議員の多くが公職追放された背景には、当時の議会・政党が軍部の弾圧による犠牲者ではなく、軍部の積極的な協力者と看做されたからである。